Los objetivos principales del Observatorio IUNE son:
Contribuir al conocimiento y análisis de la actividad científica y tecnológica del sistema universitario español.
Ofrecer información actualizada y fiable sobre distintos aspectos de la actividad investigadora de las universidades españolas.
Desarrollar una batería de variables e indicadores de I+D+i que permitan determinar con precisión la actividad de las universidades públicas y privadas desde distintas vertientes, como son: la relativa al profesorado, al reconocimiento científico, a la actividad investigadora, a la innovación, a la capacidad competitiva, y a la actividad formativa de investigadores.
Permitir la elaboración de perfiles de universidades en función de su actividad científica.